链式交易是指一件商品通过两个以上的主体进行销售，并且货物从第一个卖方直接运输至最终买方的情况。在此类链式交易中，只有其中一笔交易可以享受增值税（VAT）免税优惠——具体来说，是与货物运输相关联的那一笔交易。
链式交易，特别是涉及欧盟境内跨境供货的交易，在法律和实践操作中常常带来一系列挑战，尤其是在增值税处理方面。主要问题包括：
1. 确定正确的免税交易
在整个交易链中，仅有一笔交易可以享受与欧盟内运输相关的免税优惠。识别这笔交易需要有明确证据证明是由哪一方安排了运输。
2. 运输责任分配错误
若误判了由哪一方负责组织运输，可能会错误地应用免税条款，导致税务责任、处罚，或需要进行更正。
3. 文件不一致
合同、交货单及发票必须一致地反映交易结构。任何不一致之处都可能在税务审计中引发疑问，导致免税资格被否决。
4. 税务机关的严查
由于链式交易的复杂性和潜在的增值税欺诈风险，该类交易常常受到税务机关的审计。企业需保持详尽的记录，并合理说明免税处理的依据。
5. 需要增值税注册
中间商公司可能需要根据供货地点和当地税务法规，在多个国家进行增值税注册。
6. 语言和法律差异
欧盟成员国之间在增值税法律及其解释方面存在差异，这可能会增加合规难度，并引发交易双方的误解。
示例说明：
如果公司“A”（一家匈牙利公司）将商品出售给公司“B”（一家德国公司），而“B”随后将同样的商品转售给公司“C”（一家荷兰企业），且是公司“A”安排了运输（合同中有明确规定），那么“A”可以向“B”开具免征增值税（VAT）的发票，因为“A”是负责运输的卖方。“B”这笔销售的供货地点为目的地国家，即荷兰。
如果在同一销售链中是公司“C”（荷兰公司）安排了运输，则“B”向“C”所开具的发票代表的是与运输相关的供应，只要满足条件，也可以免征VAT。“B”这笔销售的供货地点将是匈牙利——因为运输始于匈牙利——因此“B”必须在匈牙利进行税务登记。而在这种情况下，公司“A”向公司“B”（德国公司）开具的发票则应包含VAT，因为供应发生在匈牙利。
如果中间商“B”（德国公司）是安排运输或亲自运输商品的一方，且根据匈牙利VAT法中设定的推定未被推翻，那么每笔销售的供货地点应被视为由第一卖方“A”安排运输。因此，匈牙利纳税人可以免税开具发票。
法律背景：
上述推定规定于匈牙利《增值税法》第27条第2款中：如果在供应链中有一位买方同时也是卖方，并亲自或通过代表其行事的人安排货物的发运或运输，则视其以买方身份进行发运或运输。除非该方能证明其以卖方身份进行了发运或运输，并在合同中有所体现。
根据匈牙利《增值税法》第27条第1款的规定，如果一件商品被多次转售，且该商品是直接从链条中的第一卖方运送至最终买方，并明确该交付是为最终买方而安排的，则第26条的规定仅可适用于其中一笔销售。这意味着商品销售的供货地点为商品在开始运输或发运时所处的位置，且以买方名义发往目的地。
无论运输或发运是由卖方、买方或代表其中一方的第三方执行，此规定均适用。值得注意的是，如果商品销售的供货地点在匈牙利，则适用匈牙利《增值税法》的相关规定。